Diğer hayvancılık dallarında olduğu gibi süt sığırcılığında da sağlık çok önemlidir. Sağlıksız bir sürüden süt ve yavru elde edilemeyeceği gibi işletmenin geleceği de tehlikeye girer. Sağlık tanımı içerisinde mikropların oluşturduğu salgın ve bulaşıcı hastalıkların önemi büyüktür. Çünkü bu hastalıklar tek tek hayvanları değil tüm sürüyü hasta ederler. O nedenle salgın ve bulaşıcı hastalıkların sürüde bulunması arzu edilmeyen bir durumdur. İşte, işletmede mevcut sığırların salgın ve bulaşıcı hastalıklara yakalanmasına yol açabilecek her türlü mikrobun girişini engellemeye yönelik alınacak önlemlerin bütününe biyogüvenlik adı verilir.
Biyogüvenlik önlemlerini almaya en başta barınaktan başlanmalıdır. Kuruluş aşamasında barınakların yeri tayin edilirken ana yollardan ve başka hayvancılık işletmelerinden uzakta olmasına özellikle dikkat edilmelidir. Çünkü ana yoldan geçen örneğin hayvan yüklü bir kamyondan ya da yakın bir komşu işletmeden mikrop bulaşma ihtimali bir hayli yüksektir. Ayrıca, barınakların kapıları, pencereleri, yem depoları ve havalandırma sistemleri kuşların ve kemirgenlerin girişine engel olacak bir biçimde düzenlenmelidir. Kuşlar ve kemirgenler hastalık bulunan bir işletmeden hastalık bulunmayan bir işletmeye mikrop bulaşması konusunda en etkili taşıyıcılardır. İşletmenin etrafı çalılarla ya da benzeri bitkilerle değil tel örgüler ya da beton duvarlarla çevrilmeli mümkünse sadece bir giriş kapısı bulundurulmalıdır. Barınakların tabanı tazyikli sular ve mikrop öldürücü sıvılarla kolay temizlenecek maddelerden yapılmalı, ineklerin yatacakları yerlerde mikrop barındırmayacak kum ve talaş gibi altlık maddeleri kullanılmalıdır. Mikrop bulaştırmada etkin bir araç olan gübrenin ahır tabanından sık sık uzaklaştırılması amacıyla otomatik gübre sıyırma sistemlerinden yararlanılmalıdır. Doğum yapacak ineklerin konulacağı bölme ve buzağı bölmeleri biyogüvenlik açısından çok önemlidir. Çünkü, temiz olmayan mikroplu ortamlarda doğum yapan ineklerde rahim iltihabına sıklıkla rastlanır ve bu da döl yutmayı engelleyen en önemli bir nedendir. Aynı şekilde temiz olmayan bölmelerde bakılan yeni doğmuş buzağılarda mikroplara bağlı ishal ve öksürük vakalarından ölümlere çok rastlanmaktadır. Onun için, doğum bölmesi ve buzağı bölmeleri sık sık mikrop öldürücü sıvılarla temizlenmeli ve altlarına saptan kalın altlıklar serilmelidir. Ayrıca ahırın tabanı ve duvarlar, doğum ve buzağı bölmeleri yılda iki kez olmak üzere mikrop öldürücü sıvılarla yıkanmalıdır.
Sağım bir inekten diğerine hastalık bulaştırmada en etkin yoldur. Bulaşma kirli memeler, sağım makineleri ve sağım personeli vasıtasıyla olur. Onun için memeler özellikle de meme başları sağımdan önce mikropsuz bezlerle kuru olarak temizlenmeli, meme başları sağımdan önce mikrop öldürücü bir sıvıya batırılmalı, sağımdan sonra ise meme başı kanalı kendiliğinden kapanıncaya kadar memeyi mikroplardan koruyacak bir sıvıya daldırılmalıdır. Çünkü gizli meme iltihabı adı verilen ve belirti göstermeden memede büyük tahribata yol açan hastalığa meme başında bulunan mikroplar neden olmaktadır. Hastalıklı hayvanlar en son sağılarak üretilen süte mikrop bulaşması önlenmelidir. Aynı şekilde sağım makinesinin meme başı ile temas eden vakumlu uçlarının temiz, kuru ve mikropsuz olmasına özen gösterilmelidir. Sağımcılar saçlarını ve vücutlarını temiz malzemelerle örtmeli, eldiven giymeyi ihmal etmemelidir.
Biyogüvenlik açısından yemlerin ve suların temizliği ve mikropsuz olması çok önemlidir. İçme ve kullanma sularının iyotlu ve klorlu mikrop öldürücü sıvılarla temizlenmesi şarttır. Ayrıca yemlerin mikrop ve küflerle bulaşık olmamasına özen gösterilmelidir.
Hastalık mikroplarını taşıma açısından nakliye araçları, ziyaretçiler ve veteriner hekimleri önemli bir rol oynarlar. Örneğin işletmelerden süt toplayan ya da işletmeye yem taşıyan araçlar mikropları kolaylıkla bulaştırırlar. O nedenle yukarıda belirtilen işletmenin tek giriş yerine mikrop öldürücü bir havuz yapılarak araçların bu havuzdan geçip içeriye öyle girmesi sağlanabilir. Bazı işletme sahipleri başka işletmelerdeki yeni uygulamaları görmek üzere ziyarette bulunabilir Bu ziyaretçiler kendi işletmelerinde bulunan mikropları ayak yoluyla ziyaret ettikleri işletmeye bulaştırabilirler. Aynı şekilde görevleri gereği işletmeden işletmeye gezen veteriner hekimleri de aynı şekilde mikrop bulaştırma konusunda rol oynarlar Ziyaretçilerin ve veteriner hekimlerinin işletmeye girerken tek kullanımlık başlık, önlük ve çizme giymelerinde büyük yarar vardır. Eğer bu temin edilemiyorsa ahıra girecek kişiler mutlaka ahır kapısında hazırlanacak mikrop öldürücü sıvıların toplandığı küçük bir havuza ya da paspasa basmalıdırlar.
Süt sığırcılığında verimliliğin devamı için bakım ve besleme kadar biyogüvenlik de çok önemlidir. Ne yazık ki uygulamada en çok ihmal edilen konuların başında da biyogüvenlik gelmektedir. Oysa biyogüvenlik sürü yönetiminin vazgeçilmez bir parçasıdır.