Günümüzden 2000 yıl önce Hipokrat tüm hastalıkların bağırsaklarla başladığını söylemiştir. Bağırsak Mikroorganizmaları üzerinde son yıllarda yapılan özgün araştırmalar Hipokrat’ın bu görüşünü doğrular niteliktedir. İnsan bağırsağında virüs, bakteri, mantar, protozoa gibi mikroorganizmalardan oluşan topluluğa Mikrobiyota, bunların gen yapılarına da Mikrobiyom adı verilmektedir. Bu mikroorganizmaların %75 i bağırsaklarda bulunur. Bu mikrorganizmalar kommersal yani bulunduğu organa zarar vermeyen, simbiyotik yani bulundukları organla karşılıklı çıkar ilişkisi bulunan ve patojen yani hastalık yapıcı olmak üzere üç çeşittir. Bağırsakta ne kadar çok mikroorganizma varsa bağışıklık da o kadar güçlüdür ve vücut da o kadar sağlıklıdır. Mikrobiyota bağışıklık sisteminin eğitmenidir. Dost ve düşman mikroorganizmaları bağışıklık sistemine tanıtır. Ayrıca bağırsağa içerdiği sinir hücreleri (Nöron) nedeniyle İkinci Beyin denilmektedir. Beyinde 100 milyon, bağırsakta 500 bin nöron bulunur. Vücudumuzda yaklaşık 10 trilyon hücre vardır. Oysa bağırsakta bunun 10 katı yani 100 trilyon mikroorganizma bulunur. Bu mikroorganizmaların toplam ağırlığının 2 kilogram geldiği varsayılmaktadır. Bu mikroorganizmaların yaklaşık 1000 türü vardır. Bağırsak mikroorganizmaları normal doğum sırasında ve emzirme ile anneden yavruya geçer. Bağırsak mikroorganizmaları parmak izi gibi kişiye özeldir. Mikrobiyota’da insanın toplam gen sayısının 150 katı yani 3.300.000 adet gen bulunmaktadır. Mikrobiyota faydalı ve zararlı mikroorganizmalardan oluşur. Faydalı mikroorganizmalar çoğunluktadır. Bu mikroorganizmalar 80/20 gibi bir denge içerisinde bulunurlar.

İnsan yaşamının ayrılmaz bir parçası olan mikrobiyota sağlıklı olmadığında birçok hastalığa neden olur. Bu hastalıklar arasında Astım, Depresyon, Otizm, Kolon Kanser, Çölyak, Diyabet, Egzama, Ateroskleroz, Obezite sayılabilir.

Mikrobiyotanın sindirim üzerinde çok büyük bir etkisi vardır. Barsak mikroorganizmaları alınan  gıdalarla bir yandan kendilerini beslerken bir yandan da bu gıdaları parçalayarak sindirilebilir hale getirirler. Mikrobiyota asetat, bütirat ve propiyonat gibi kısa zincirli uçucu yağ asitlerinin ve safra asitlerinin salgılanmasını sağlayarak özellikle lifin sindirilmesinde önemli rol oynar. Bu konuda bağırsak mikroorganizmaları arasında büyük bir işbirliği vardır. Vücuda alınan karbonhidratları, proteinleri, selülozu ve lifi farklı tür mikroorganizmalar parçalarlar. Bağırsak mikroorganizmaları B ve K vitaminleri üreterek sindirime yardımcı olurlar. Mikrobiyota bağışıklık üzerine de etkilidir. Bağışıklık sisteminin %80’i barsak cidarında bulunur. Barsak cidarı çok incedir ve bu nedenle zararlı etkenlerin vücuda girmesi kolaydır. Barsak cidarındaki bağışıklık hücreleri zararlı etkenlerin vücuda girmesini önler. Organizmanın önemli bir koruyucusu olan edinsel bağışıklık mikrobiyota ile temas etmeden etkili olamaz. Mikrobiyota hastalığa neden olan zararlı mikroorganizmaların aşırı büyümesine karşı iyi mikroorganizmaların sayısını dengeleyip kötülerle rekabet etmesini sağlar.

Beyin ile bağırsak arasında çok güçlü bir iletişim ağı vardır. Beyindeki bozukluklar bağırsakları, bağırsaktaki bozukluklar da beyini olumsuz yönde etkiler. Beyin ile bağırsaklar arasındaki iletişimi vagus siniri sağlar. Bağırsaklarda önemli sayıda beyin hücresi (nöron) bulunur. Bu nedenle bağırsaklara ikinci beyin adı verilir. Vagus siniri iki yönlü sinyal verir. Sinyaller ve iletiler kimyasal ileticiler vasıtasıyla taşınır. Ayrıca seretonin ve dopamin gibi mutluluk hormonları da bağırsakta üretilip kimyasal ileticiler vasıtasıyla beyine gönderilir. Farelerde yapılan deneylerde stresin bağırsaktan beyine giden vagus sinyallerini bloke ederek gastro intestinal bozukluklara neden olduğu ortaya çıkmıştır. Bu da insanlarda mutluluk hormonlarının salgılanmamasına dolayısıyla da depresyona neden olur.

Şehir yaşamı, çevre ve hava kirliliği, yoğun alkol ve sigara tüketimi, sağlıksız beslenme, uykusuzluk, toksin alımı, stres, gereksiz antibiyotik kullanımı gibi faktörler iyi ve kötü mikroorganizmalar arasındaki dengeyi bozarak hastalıklara neden olur. Sağlıklı bir mikrobiyota için stresten ve gereksiz antibiyotik tüketiminden kaçınılmalı, bol lifli gıdalar tüketilmeli, paketlenmiş, işlenmiş ve doğal olmayan hazır besinlerden uzak durulmalı, bol egzersiz yapılmalıdır. Probiyotik olarak, kefir, turşu gibi fermente gıdalar ve Omega-3 kullanılmalıdır.